Die Gärten unterstützen die Lehre an der HSWT und dienen der Forschung und Sichtung von Freilandzierpflanzen. Sie haben überregionale Bedeutung für Gartenfachleute und Gartenliebhaber und sind Ziel zahlreicher Besucher aus dem In- und Ausland. Vielfältige Beet- und Pflanzenarrangements bieten einen hohen ästhetisch-gestalterischen Wert.

In mehr als 200 Führungen jährlich werden ca.  7.000 bis 10.000 Gäste fachkundig durch die Gärten geleitet. Mit rund 100.000 Besuchern pro Jahr sind die Weihenstephaner Gärten auch für die Stadt Freising ein attraktives Zugpferd.

Die Weihenstephaner Gärten werden regelmäßig weiterentwickelt. Im Frühling 2011 wurde die Umgestaltung des Eingangsbereichs zum Sichtungsgarten begonnen, weitere Pflanzungen erfolgten 2012. Zwei Wasserbecken in unmittelbarer Nähe des Eingangsbereiches konnten 2012 noch fertiggestellt werden, so dass im Frühling 2013 die Wasser- und Wasserrandbepflanzung erfolgen konnte. Die Pflanzungen im 2011 neugestalteten Obstschaugarten in der Kleingartenanlage Weihenstephan wurden 2012 weitgehend abgeschlossen. Mit der Bepflanzung des Apothekergartens 2012 wurde auch die Restauration des 2008 wiedereröffneten Oberdieckgartens beendet.

Eine Wetterstation des Deutschen Wetterdienstes liefert die aktuellen Wetterdaten direkt aus der Kleingartenanlage.